Trong trường hợp người được cấp Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan không phải là tác giả, chủ sở hữu quyền tác giả, chủ sở hữu quyền liên quan hoặc tác phẩm, bản ghi âm, ghi hình, chương trình phát sóng đã đăng ký không thuộc đối tượng bảo hộ thì cơ quan nhà nước có thẩm quyền hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan.
Tổ chức, cá nhân phát hiện việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan trái với quy định của Luật này thì có quyền yêu cầu cơ quan quản lý nhà nước về quyền tác giả, quyền liên quan hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan. Hoặc trong trường hợp tổ chức, cá nhân đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan gửi Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch (Cục Bản quyền tác giả) đề nghị hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan đã được cấp. Trong các trường hợp này, sau khi nhận được văn bản từ tổ chức, cá nhân thì hì cơ quan nhà nước có thẩm quyền sẽ xem xét và ra quyết định hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan.
Ngoài ra, trong trường hợp có Bản án, Quyết định có hiệu lực của Tòa án hoặc Quyết định của cơ quan có thẩm quyền xử lý hành vi xâm phạm về việc hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan thì cơ quan nhà nước có thẩm quyền ra quyết định hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan.
Theo quy định tại khoản 1 Điều 39 Nghị định 22/2018/NĐ-CP thì Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch (Cục Bản quyền tác giả) có thẩm quyền hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan trong các trường hợp quy định tại khoản 2 và khoản 3 Điều 55 của Luật sở hữu trí tuệ.
Trong thời hạn mười lăm ngày làm việc, kể từ khi nhận được một trong các giấy tờ dưới đây, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch (Cục Bản quyền tác giả) ra quyết định hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan: